Cho dù có những phiên bản khác nhau sản sinh, chương trình bị kết thúc nhanh chóng khi chiếc nguyên mẫu Me 209 V5 bay chuyến bay đầu tiên vào cuối năm 1944. Nó bay chậm hơn 50 km/h (31 dặm mỗi giờ) so với kiểu máy bay Fw 190D đang sẵn có và không cải thiện gì thêm trên các tính năng điều khiển. Sau cuộc trình diễn đáng thất vọng, dự án Me 209 bị hủy bỏ; và với nó cũng kết thúc nỗ lực cuối cùng của Messerschmitt nhằm chế tạo một kiểu máy bay tiêm kích động cơ piston tính năng cao.